Tin tức về ý định chạy đua tranh cử của Chakwera trong cuộc đua chủ tịch của MCP đã được báo cáo lần đầu tiên trên phương tiện truyền thông trực tuyến vào ngày 9 tháng 4 năm 2013.[8] Họ đã được xác nhận vào ngày 14 tháng 4 năm 2013.[7] Chakwera đã nộp các hồ sơ đề cử của ông trong khi vẫn ở vị trí Chủ tịch Hội đồng Thiên chúa.[9] Hội nghị MCP dự kiến vào ngày 27 tháng 4 năm 2013 sau đó đã bị hoãn lại[10] đến 10 và 11 tháng 8, ông được bầu làm chủ tịch của MCP và đại diện cho đảng trong cuộc tổng tuyển cử năm 2014. Trong cuộc tổng tuyển cử năm 2014 ở Malawi, nhiều tin đồn đã suy đoán trên các phương tiện truyền thông rằng các cuộc bầu cử đã có bất thường. Chakwera đã khuyên tất cả người dân Malawia nên giữ ôn hòa, chấp nhận kết quả và chờ đợi các cuộc bầu cử sắp tới. Bên cạnh việc thành công với tư cách là chủ tịch đảng đối lập chính, ông còn phục vụ với tư cách là thành viên của quốc hội cho khu vực bầu cử Tây Bắc Lilongwe.

Chakwera tuyên bố từ chức Chủ tịch Hội đồng Thiên chúa (AG) có hiệu lực vào ngày 14 tháng 5 năm 2013.[11] Ông nói điều này sẽ cho phép ông tập trung hơn vào chính trị sắp tới và tuyên bố rằng ông vẫn đang phục vụ Chúa ở một nơi chỉ là khác bối cảnh.[11] Chakwera đã gia nhập lực lượng với nhà lãnh đạo UTM Saulos Chilima, thành lập một Liên minh để chuẩn bị cho cuộc tổng tuyển cử vào tháng 6 năm 2020 ở Malawi. Điều này xảy đến khi Tòa án phán quyết loại trừ cuộc tổng tuyển cử năm 2019 do những bất thường lớn sau khi DPP tuyên bố chiến thắng.

Chakwera đã đánh bại tổng thống đương nhiệm Peter Mutharika trong cuộc bầu cử năm 2020, ông đã giành được gần 59% phiếu bầu. Chakwera đã tuyên thệ nhậm chức tổng thống thứ sáu của Malawi vào ngày 28 tháng 6. Nhân dịp này, Malawi đã làm nên hiện tượng lịch sử ở phía bắc tiểu vùng Sahara Châu Phi khi một tòa án lật ngược cuộc bầu cử tổng thống do sự bất thường và một nhà lãnh đạo phe đối lập đã tiếp tục giành chiến thắng trong cuộc bầu cử lại.[2]